子宫内膜异位可以发生在很多地方，包括卵巢、盆腔，输卵管等等。卵巢是最常见的部位（80%），由于周期性地反复出血形成一种特殊的囊肿——巧克力囊肿；随着患者年纪的增大，异位的子宫内膜可以侵入子宫肌层，月经来潮时，在肌层出血，引起剧烈的痛经，医学上成为子宫腺肌症。